Visi Kantor Kesyahbandaran dan Otoritas Pelabuhan Kelas I Balikpapan adalah “Meningkatkan Pelayanan Prima dalam Kelembagaan yang berdaya saing, handal, aman dan nyaman”.

Untuk mewujudkan visi Kantor Kesyahbandaran dan Otoritas Pelabuhan Kelas I Balikpapan mempunyai misi sebagai berikut :

• Mewujudkan standar operasional pelayanan
• Mewujudkan SDM aparatur yang profesional
• Mewujudkan kecukupan sarana prasarana pelayanan
• Mewujudkan peningkatan penegakan hukum dilingkungan pelabuhan

Dalam melaksanakan tugas pokok tersebut, Kantor Kesyahbandaran dan Otoritas Pelabuhan Kelas I Balikpapan menyelenggarakan fungsi :

1. Pelaksanaan pengawasan dan pemenuhan kelaiklautan kapal, sertifikasi keselamatan kapal, pencegahan pencemaran dari kapal dan penetapan status hukum kapal.
2. Pelaksanaan pemeriksaan manajemen keselamatan kapal.
3. Pelaksanaan pengawasan keselamatan dan keamanan pelayaran terkait dengan kegiatan bongkar muat barang berbahaya, barang khusus, limbah bahan berbahaya dan beracun (B3), pengisian bahan bakar, ketertiban embarkasi dan debarksai penumpang, pembangunan fasilitas pelabuhan, pengerukan dan reklamasi, laik layar dan kepelautan, tertib lalu lintas kapal di perairan pelabuhan dan alur pelayaran, pemanduan dan penundaan kapal, serta penerbitan Surat Persetujuan Berlayar.
4. Pelaksanaan pemeriksaan kecelakaan kapal, pencegahan dan pemadaman kebakaran di perairan pelabuhan, penanganan musibah di laut, pelaksanaan perlindungan lingkungan maritim dan penegakan hukum di bidang keselamatan dan keamanan pelayaran.
5. Pelaksanaan koordinasi kegiatan pemerintahan di pelabuhan yang terkait dengan pelaksanaan pengawasan dan penegakan hukum di bidang keselamatan dan keamanan pelayaran.
6. Pelaksanaan penyusunan Rencana Induk Pelabuhan, Daerah Lingkungan Kerja dan Daerah Lingkungan Kepentingan pelabuhan, serta pengawasan penggunaannya, pengusulan tarif untuk ditetapkan Menteri.
7. Pelaksanaan penyediaan, pengaturan, dan pengawasan penggunaan lahan daratan dan perairan pelabuhan, pemeliharaan penahan gelombang, kolam pelabuhan, alur pelayaran dan jaringan jalan serta Sarana Bantu Navigasi Pelayaran.
8. Pelaksanaan penjaminan dan pemeliharaan kelestarian lingkungan di pelabuhan, keamanan dan ketertiban, kelancaran arus barang di pelabuhan.
9. Pelaksanaan pengaturan lalu lintas kapal ke luar masuk pelabuhan melalui pemanduan kapal, penyediaan dan/atau pelayanan jasa kepelabuhanan serta pemberian konsesi atau bentuk lainnya kepada Badan Usaha Pelabuhan.
10. Penyiapan bahan penetapan dan evaluasi standar kinerja operasional pelayanan jasa kepelabuhanan.
11. Pelaksanaan urusan keuangan, kepegawaian dan umum, hukum dan hubungan masyarakat serta pelaporan